这一年八月，因为收复永平四城有功，孙承宗再次受到重用，被朝廷任命为蓟、辽督师。为此孙承宗发布命令，重筑被后金兵摧毁的大凌河城废墟，做为宁锦堡垒的前哨阵地，再于城墙加筑炮台，安装上红夷大炮，由此向东推进。新任的辽东巡抚邱禾嘉比孙承宗还要积极，提出同时修筑右屯卫城以为犄角，就更稳妥了。结果是，人力财力分散，两城都未能按时完工形同烂尾工程，朝廷催促锦州总兵祖大寿前往大凌河和右屯卫察看筑城情况，务必于入冬之前全面完工。被皇太极知道了，立刻率兵前来捣乱破坏。后金铁骑的动员速度和行动之快，再一次教训了明军，不等在城中检查工程的祖大寿一行人撤退，八旗兵已将大凌河城团团包围起来，祖大寿，副将何可纲及万余士兵受困城中，一面凭城坚守，一面等待援兵。祖大寿凭着半截城墙和大炮铳枪，连续击退后金兵的多次进攻，至莽古尔泰所属的两蓝旗主将图赖一部遭受重创，副将孟坦等十余名将领阵亡，数百名士兵死于炮火之下，图赖也受了伤。皇太极命围城部队后撤到明军炮火射程以外，一面继续围城，分出部分兵力截击明援兵，一面等待着额驸佟养性所率的更笨的“天佑助威大将军”炮队的到来。
明军从锦州方向派了些小股援兵，只起到骚扰作用，多是飞蛾扑火。邱禾嘉知道，若不调集大量的部队解大凌河之围，被困的万余将士必将弹尽粮绝坐以待毙，他连发急疏向朝廷奏报，要求调兵。接到兵部命令，关内各路援军星夜往驰关外，同时登莱的孙元化也接到增援辽西的命令。他立刻派孔有德率千余名将士携带新式大炮乘船渡海赶赴辽西，看能不能从大凌河口溯水而上，如可行，就在重重敌围中轰开一道缺口，解救大凌河军民于水火，顺便也检验一下这支炮兵部队的作战能力。孙元化亲自去水城送将士们上船，激励孔有德，“此战关系到辽西战局，尔等务要勠力同心，杀敌报国！”他祝勇士们凯旋，孔有德慷慨回答，“请首长放心，末将保证完成任务！”
数十条船扬起风帆，在激昂的鼓号声中拔锚出港，高耸的炮口与船头同指一个方向，看着十分威武，简直有种纵横时代的霸气。孔有德站在船头，一手提刀，面色严峻，一言不发地望着海面，巨大的风帆阴影衬托之下，他手中的军刀闪着寒光，这把刀代表威严的军令。舰队一出海就是庙岛群岛，由十几座大小岛屿组成，从这座岛屿可直接看到前面的岛屿。舰队左转舵，右转舵，在群岛间逶迤穿行，岛上的士兵和岛民纷纷向舰队挥手致意，祝将士们胜利归来。
从登莱到辽东湾北海岸比从宁远到旅顺口的直线距离要远，顺风天气，需要几天时间才能到达。船队驶离了庙岛群岛，已近黄昏，天色突然暗下来了，接着雷鸣电闪，下起了大雨，可以看到水面上跳动的粼粼波光。风雨交加的海面，天昏地暗，将士们感到冷风习习，浑身发抖。这时他们望见北边天空有一片黑色的乌云，这片乌云在高速旋转，自上而下将一根吸管样水柱伸进海面，搅起了万千水花和大量的杂物，与此同时，成千上万的水鸟发出鸭子那样的惊叫声朝舰队的方向疾飞而来，那种声势，就像被劲风吹过来似的，将士们都被这一幕惊呆了。“将军，那是什么？”士兵们问孔有德，孔有德凭栏观察了一阵，有气无力地说一声，“龙卷风。”船上一片惊呼，水兵们知道，以往他们的同伴出海突然不归就多是遇上了龙卷风，今天这不祥之物就要降临到他们头上，被他们遇上了，末日来临的恐慌让他们不知所措。孔有德更是害怕，他很迷信，“这是天象示警，甚至是冥冥中的义父毛文龙在阻止我吗？”无论海风还是乌云都在告诉他：不要去辽西，不要向前再走一步，那儿危险！他赶紧命令舰队落帆、掉头返航，“为了众多兄弟的生命，为了昂贵的新式大炮，大家动作快点！”
孙元化发现刚刚出港的舰队又回到了水城，不由得勃然大怒，他痛斥孔有德畏敌不前，贻误战机，“朝廷花了多少银子打造出的水师，难道出海就是为了做做样子，逛逛海景吗。一旦朝廷追究下来，你有几颗脑袋？”孔有德拱起双手，一低头，“回禀大人，若船毁人亡，损失会更大，一旦这些刚研制出的新炮沉入海底，谁又能付得起责任？”孙元化被问住了，他望望北方黑色的天空，不由得流下了眼泪，在胸前画了个十字，“主啊，难道天不佑我大明吗？”他嘟囔，“朝中有那么多言官指责我，说我铺张糜饷，我现在有了强大的炮兵又不能出海，对辽西将士的安危怎能坐视不救？还有什么办法吗，你们说，还有办法吗？”孔有德等人都不吭声，他来回走了几步，像对众人又像对自己说，“为什么是这个季节发生战事，海况最不好的深秋，为什么，这是为什么？”他一个人走来走去，独自生闷气。
几天后，海况仍是不好，他叫来孔有德，向他说，“孔将军，本堂命你立刻率八百骑兵携大炮及炮兵从陆路进发，出山东经河北再出山海关，与锦州守军会合，同往大凌河前线。”孔有德差点给孙元化跪下了，“大人，走陆路要多少天哪，或许没到辽西，战事就结束了。”孙元化坚持说，“海路走不了，陆路又走不了，你说该走哪条路？不管何时能到那里，总比抗命不前要好吧，朝廷在看着我们哪！”
孔有德只好带着部队出发了，八百骑兵加炮兵差不多两千人稀稀拉拉出了登州城，前面的马队不时要等一等后面的炮队。后面的炮队就是些拉着重炮的牛车，又笨重又缓慢，经过莱州城时，他们还在一起，后来距离就越来越长，越拉越远，就像他们不是一个部队的似的。二十几天后，马队快要走出山东境内了，牛车还在后面几十里外晃悠呢。如此前后脱节，他们携带的粮草也很快消耗光了，孔有德不免着急，发愁。更让他发愁的是，沿途州县没有一个官员出来迎接，没有人送茶送水，更不要说安排食宿了，他们看到的只是民众的白眼，那种轻蔑的眼神，使他不由得想到初到登州时看到的异样脸色，他似乎想出来了，这是还没出山东境内，或许出了这片冤家的地界，情况就会好一些。马队走出德州，就要进入河北，他松了口气，这时偏偏又下起了大雪。按照农历，这时节是闰十一月，还没正式进入冬季，但寒流却提前到来了，纷纷扬扬的雪花漫天飘舞着，笼罩着房屋树木，山川河流，一眼看不到尽头，他们像被雪雾包围了。疙疙瘩瘩的路面结了冰，很快又化开，上面再敷上一层雪，把下面冻成冰的雪覆盖住，使得道路忽而泥泞，忽而湿滑，一不小心就会摔倒。牛车就更困难了，每走一段路就陷进去，士兵们连推带拽，车轮固执地在原地打转，越陷越深，随时都有倾覆的危险。呼啸的寒风击打在士兵们的脸上，他们饥寒交迫，还要小心翼翼地盯着脚下的路面，真是吃尽了苦头。前面孔有德的马队快到河北省的吴桥县城了，后面的牛车还没跟上来。孔有德不由羡慕起在辽东时看到的女真人的马爬犁、两驾甚至三驾马车，在那样野草密集的平原及乱马踩出的结实路面上，有那样的运输工具就不会如此狼狈了。