一只小海鸥从半空坠下，落在他肩上喘息。海鸥想是累了，借此恢复体力，同时也有点蹭船跟着免费旅行的意思。崇焕一动不动，海鸥觉得这个人很怪，猫一样叫了一声，崇焕还是不动，它去啄他的官帽，他仍不理会。随行官员从舱里出来，想轰走海鸥，他说，“等它自己飞走。”这时海鸥明白了，这个人不傻，知趣地煽动一下翅膀，轻轻离开了崇焕。
第四天中午，船队抵达双岛，崇焕见江上战船将士皆于阳光下傲立，未免有点惊愕。下船后与谢尚政、赵不岐一行沿堤岸漫步，故意表现出轻松的样子，坐在沙滩上摆好酒席，边品酒边谈对这一带风光的感受。东江兵船上那些士兵探头探脑，小声议论说，“就那个又瘦又黑的小矮个，袁都师，原来这模样，也不过如此。”这时旅顺游击毛永义来迎，崇焕问他，“督师亲临地方，士兵们为何不晋拜？”毛永义回答，“没有毛帅令，他们不敢晋拜。”崇焕点点头，他对毛文龙的治军留下了深刻的印象。
此时毛文龙已经到达旅顺，正为儿子毛承禄所阻，力劝他不要去见袁崇焕，只怕凶多吉少。他知道父亲性格倨傲，袁督师有备而来，来者不善，一旦发生意外，后果不堪设想。毛文龙坚持说，“将帅应以国家大事为重，个人的前程性命算得了什么。”毛承禄哭了，说他有不祥的预感。毛文龙答应尽量稳重，与袁崇焕心平气和地商谈，但他也做了防范的准备。
次日崇焕登上双岛的峰岭，拜谒了龙王庙，从高处看了看大海。傍晚，毛文龙来了，看着很谦逊。崇焕发现刘兴祚没来，皱了皱眉头，但没问毛文龙，彼此客套一番，约定明日上午在崇焕的船上交谈。
第二天上午，毛文龙来了，带了一帮随从和厨师，招待得很周到。向崇焕拜谒后，他们就在袁大人的船上举行宴会，为督师一行接风洗尘，宴席很丰盛，全是海鲜。先前毛文龙去宁远时还说将士们快吃不上饭了，这顿宴席崇焕怕一辈子也没见过。文龙解释说，“此时是夏日，从海里现捞上来的。”
交谈直接了当，袁崇焕说，“辽东海外只我两人之事，必同心共济方可成功。本督师历险出海到此地，就是来磋商进取大计的。我有一良方，不知患者肯服此药否？”文龙点头哈腰，说他理解督师的苦心，然后说，“毛某海外八年，屡建微功，因被谗言，粮饷缺乏，少器械和马匹，因此不能遂心，也有委屈。如果钱粮充足，上峰多与支持，配合督师平辽，也不是难事。”崇焕向文龙敬了一盅酒，说，文龙同志态度是端正的，很好。
首次谈话结束后，崇焕提出下午具宴答谢，提出在船上不便交谈，是否可借文龙在岸上的营帐里回请。文龙说，这样也好。
午后答拜，宴会上，俩人一喝上酒，就有了火药味。半醉中，崇焕不免提到皇上，赞扬崇祯圣明，集尧舜汤武为一君，“我等做臣子的理应高举旗帜、积极照办才是，文龙同志，你说对不对？”毛文龙本就心怀抵触，对崇祯又一直不满，让他与袁一同唱赞歌，他瞧着酒盅，感叹说还是前朝皇帝好，他终身难忘熹宗。崇焕发觉跑了题，向文龙敬了杯酒，说起平辽之事。文龙还在郁闷中，此时早已忘记了儿子的忠告，有点控制不住自己了，他点指着崇焕说，“当年建虏兵发朝鲜，宁远若进袭沈阳，你我今天也不会在这里扯皮了。我看关宁兵马多是无用之辈，只用我东江三两千人，神出鬼没，出其不意，一把火灭了东夷。”崇焕尽量不与文龙冲突，又说起节制之事，整顿军务，希望他能接受监军亲临查核。文龙更不高兴了，转而骂起阎鸣泰和武之望，说这两个上司是混蛋，这明显是别有所指，把崇焕也捎带上--现在的督师也那德性。
此后俩人见面，毛文龙脸色始终阴沉着，一点也看不出与昨天的酒后失态有什么不同，且身边左右的侍卫多带着佩刀，气氛紧张。崇焕喝退这些侍从，约文龙单独密谈，文龙没表现出过激反应。这一次谈话，两人一直谈到下半夜，但彼此脸色都很不悦。
第三日文龙再次宴请崇焕，双方发生了争吵。帐外的侍卫先听崇焕说，“贵镇久劳边寨，杭州西湖那地方不错，是个享乐的好去处。”接着是毛文龙粗声粗气的顶撞，“毛某早有此心，不过只我知灭奴，灭了狗彘，朝鲜文弱，顺便夺过来，不也快哉。”崇焕把声音降低，侍卫们听不清了，好像在说朝廷不缺乏远略，换了贵镇，胜任的人有的是。毛文龙的又声音大起来，“此处谁代得？没有毛某，东江兵将早散伙了！”然后又是袁崇焕心平气和，好像在说要发犒赏，向毛文龙索要兵将名册。毛文龙似乎很冷淡，最后一句说，“本镇所带亲丁，现在双岛者三千五百七十五人，明日就发吧！”
如此，袁崇焕一直双眉紧锁。他召见了毛文龙的随从，知道有一个是刘兴治，让他们一同去开导毛文龙。这属于另辟蹊径，毛文龙倒是接受了，说他愿意受编于宁远督师，但又额外提出不想让朝廷派监军来，说岛上的人散漫惯了，只怕会闹出乱子。这个崇焕很清楚，监军本就不受人尊敬，且多是贪腐的太监，文龙不过是挑挑刺，他答应了。临别，他提醒毛文龙，“营伍制定后，年中必须接受上级检查，祖宗自有法度，不得有假。”对此毛文龙很不以为然，发泄了几句，不辞而别。
当晚，心思缜密的袁崇焕约毛身边的副将汪翥出去,问毛在背后说了什么没有，汪翥不敢隐瞒，如实汇报，“毛帅说，我就是哄一哄袁蛮子，糊弄过去了事。其实军队的事很不好管，我只包管完东江这一阵就算完事。”这意思是，平辽之后按惯例朝廷肯定要换帅，反正整编的程序繁杂，不会那么快，先答应下来，等换了督师，东江还不是咱哥们说了算。
这就是没事找事了，两个人的地位均举足轻重，能否联起手来，决定着明朝命运的走向。但他们的关系是如此紧张，命运又偏偏不让彼此联手，注定了他们是一对冤家。崇焕再也压抑不住怒火了，一种受侮辱、被骗了之感袭上心头，他恍然大悟，无法淡定，愤然说，“毛文龙是在敷衍我，耍我！”汪翥是毛的副将，也可能是锦衣卫安插在毛身边的卧底，这不重要，重要的是他说了实话。崇焕暗暗咒骂起毛文龙，成事不足，败事有余。他紧急召见了刘兴治，与他做了番密谈。
局面彻底陷于僵持，崇焕仍希望有一丝回旋余地，他想着用什么办法使得事情看起来不至于做得那样绝情。他又一次约毛商谈，提出以后旅顺以东公文用毛文龙印，以西用袁崇焕印。实际上这是在为自己找一个台阶下，也可能是为最后收拾毛文龙找出一个最充分的理由；如毛顺从了，他还可以有借口缓和僵局，把事情拖延下去，也不失为权宜之计，否则他就做到了仁至义尽。毛文龙如果不拒绝他，后来发生了后金兵叩关，对毛的处理也许就是另一回事了。但那样一来毛文龙就不是毛文龙了，他断然拒绝。崇焕又提出与他就江东的改编制定一个具体方案，或者一起为收复镇江、旅顺及金、复、盖、海四卫做一个大致的筹划。毛文龙本就认为这不可能，是在吹牛、说大话。其实他是没真正理解崇焕，觉得袁只是个文官，写写锦绣文章画个画还可以，提到军事行动，他本能地想到这是在班门弄斧。
袁崇焕终于忍无可忍，下决心要对毛文龙动手了。第二天，他先调刘兴治带兵围在自己身边左右，然后传令东江各兵登岸，较射给赏。毛对此没有丝毫察觉，以为总算把袁蛮子打发走了，还问崇焕，“大人几日回去？”崇焕回答，“宁远重地，不可久离，来日走。不过今天邀贵镇到山上转转，观兵角射。”他又说，“来日不能接着拜别，贵镇长期扼守国家海外军事重地，合起来受本督师一拜。”向文龙躬身行大礼，这礼节有些反常，毛文龙掂量着，有些接受不了，急忙回拜。随后崇焕令参将谢尚政带部下暗暗将毛的侍卫隔绝在外围，又让毛把手下随行官员和将领召集过来，问各官员姓名，大都回说姓毛。毛文龙说，“这都是鄙人的儿孙。”崇焕说，“岂有都姓毛之理？”他问最后一名官员姓氏名谁？回答说，“回督师，在下姓毛，毛承禄。”毛文龙介绍，“此为犬子。”崇焕拱拱手，“督师错怪你了，应该姓毛。”然后对众人说，“似你等这样的好汉，人人可用。我宁前官兵，俸粮多于你等，倘然不能说就进入了小康社会。你等积劳海外，月米只有五斗，说出来痛心，也受我一拜，大家共同为国家尽力，以后不愁无饷。”众人顿首称谢。
在这样一种刻意营造起来的气氛下，袁崇焕要发难了，就出乎了所有人的意料。当他一连质问起毛文龙，毛一时没反应过来。“本督师节制四镇，严令海禁，是恐怕天津、登莱，受到心腹贻害。今设立东江饷部，钱粮由宁远运来，也没什么不便吧。昨天与贵镇相商，你坚持要走登莱水道，又跟你商议移镇，定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，核查兵马钱粮，你都摇头，一口拒绝。岂有国家费许多钱粮，到头来终置无用？”毛文龙回答，“毛某听从来着，并没说不行，大人不是很满意吗。”崇焕厉声吼道，“你以为我是书生，好糊弄？不知我也是朝廷一员大将吗。你欺君罔上，冒名克饷，屠戮辽民，祸害高丽，扰登莱，害客商，掠民，变人姓名，奸人子女等等，罄竹难书，这些罪恶岂不应死？今日杀你毛文龙，我若不能恢复辽东，愿领尚方剑向你谢罪。”他连喊带叫，命左右夺去毛冠带捆绑起来。事情的转变太突然，东江众官及将领猝不及防，惊恐之下都不知所措。崇焕征询他们的意见时，他们喏喏无语，只有文龙一门下小声哀告说，“毛帅数年劳苦，很不容易。”崇焕反驳道，“毛文龙乃一布衣，官至极品，满门封荫，酬劳够多了，又为何这样悖逆朝廷！”他问众人，“毛文龙如此罪恶，你们说该杀不应杀？要是我屈杀了他，那你们就来杀我。”众人被崇焕的气势吓住了，一个个面如土色，纷纷跪下来求情。这时毛文龙猛醒过来，一时魂飞魄散，说话语无伦次，跪下去不住地磕头，乞求袁大人开恩。崇焕看到毛文龙这副熊样，几天来郁积在胸中的忿恨全都迸发出来，跳起来大喊，“不识抬举的东西，敬酒不吃吃罚酒，这是大明将军的气节吗，不过一个狗苟蝇营的投机商人罢了！”他指斥毛文龙，“你不知国法久啦，要不杀你，东江一块土，也不是皇上所有！”遂不顾众将求情，命赵不岐，何麟图监斩，旗牌官张国柄执尚方剑行刑于帳前。毛文龙满嘴胡须和圆睁着眼睛的头颅沉重地掉下去，滚到东江众官员面前，众将官大喊大叫，放声大哭。此时外围毛文龙的侍卫眼睛都红了，只因没人带头，又见谢尚政，刘兴治横眉立目，卫兵严密布防，才没敢上前。崇焕命手下为毛文龙备好棺木以便日后安葬，随后表示不追究其他人，让众人各安其职，恢复原姓，表示将即刻犒赏军士，传檄诸岛。
东江军队的整编就此开始，分东江兵二万八千人为四协，由副将陈继盛，游击刘兴治，毛承禄和宁远的旗鼓徐敷奏各管一协，收回毛文龙的尚方剑，一切事权暂由陈继盛代管。崇焕又将带来的饷银十八万两分给诸岛官兵，东江官兵三千五百七十五员，军官每人五两至三两，士兵每人一钱。宣抚完毕，离岛登舟，往各岛巡视。
船到旅顺，他见岸上的士兵们表情漠然，一点高兴的样子也没有，走过去问他们，“一钱饷银够活几天？”士兵们回答，“也就几天吧，能买四、五斤粮食，要是不发粮的话。”“发粮呢？”“也那样。”他问，“从前发多少？”“毛帅在日一月发三两，一年发三十六两，除了朝廷供粮，还有一部分自己开荒种地的收成，逢年过节还有加赏。”袁崇焕默默无语，已再也无心向前巡视了。他知道，饷银给得太少了，顿时无精打采，感到浑身没有力气。他不说话，回到船上时已是弓腰驼背，身子低伛，像个老头似的向舱里爬。他萎靡不振，一下子衰老下去，到了晚上，他睡不着了。
此前所有的疑问都变得异常的清晰起来。为什么岛上没有发生哗变，毛文龙为什么说没有他东江军队早就散伙了。他为什么自己开荒又虚报军饷，与岛外大做生意？只有这样才能维持军民活下去，与后金兵的收入不至于有太大的差距啊！毛文龙骗朝廷的饷银俱都是实，但他并没有揣进自己的腰包，是为了岛上的官兵和数十万逃民的生存。皇上提倡节俭，这没有错，在物价飞涨的年代，毛文龙只能做生意维持岛兵生活，若做生意算不得罪状，剩下的还是罪状吗？即使换了刘兴祚兄弟，没有银子，谁又能保证人心不会涣散，士兵不出乱子呢。他恍然大悟，同时又恍惑不已，要都像他这样欺骗朝廷，大明朝不早晚要被蛀空吗？
然而这就是当今的风气，明朝的现状，几朝几代累积的现状。他陷入无限的悲伤和深深的无可挽回的自责之中。
第二天，他准备了一应祭品，还杀了匹马，与东江众将官一起为毛文龙祭奠。在灵位前，他的眼泪夺眶而出，流露出确切的真情实感。祭奠过后，他放声痛哭，众将官也都跟着痛哭。此时他不是哭毛文龙，也不是哭自己，而是为大明朝恸哭。
返回宁远的归途中，他极度空虚，心里十分明了，三种方案，打造关宁铁骑，筑城推进，统一东江收复金、复、盖、海四卫，全是纸上空想，离开了银子，他什么也办不成，唯一做到的一件事是，同室操戈。他想到皇上，并没有下旨要他杀掉毛文龙，全是他自己为一股激情擅做主张。他决定向皇上写请罪奏疏，急于得到证实，诛毛是不是皇上的意思。出于私心，他夸大了杀毛时的紧张气氛。