孔有德的军队一路上烧杀抢掠，终于回到了登莱地面，也越来越像当地民众说的匪兵了。他们自己也老脸皮厚，已经不在乎别人说什么，反正他们愿意怎么干就怎么干，这就是东江兵，毛文龙带出来的部队。孔有德经过莱州城下，与其他州县不同，莱州知府朱万年下令紧闭城门，不许这些辽东兵进城，他与孔有德说话虽还客气，平日也多有来往，没少在一起喝酒，但高居城楼上的这位知府看到下面那张向上撅起的猪嘴，已经嗅出了他身上的野兽味道，甚至看透了他的内心,因此不管孔有德怎样花言巧语称兄道弟，就是不开城门。朱万年知道，一旦放他们进城，就是引狼入室，因此他做好了防范。孔有德只好一脸委屈地绕过莱州，直奔登州。

登州的孙元化，对孔有德的回军虽然放下了心，但对其部下的抢掠又深感忧虑，尽管他知道路上缺乏食物，各州县官吏也没能对他们作出妥善安排，以至引起骚乱，他还是为此而惴惴不安。对于朝廷的申斥，他与余大成做了最大的努力尽量袒护孔有德，希望他回到登州后能就此收敛，再对他进行一番批评教育，表示不追究他的责任，事情也许就平息了。做为一方巡抚，孙元化真感到为难，莱州知府朱万年不止一次提醒他，其人面目凶恶，心狠手辣，不可不防，他还是心存幻想。他又不能不对孔有德有所戒备，因此决定先派游击张焘率兵驻扎在登州城外，与驻守水城的总兵张可大相互策应，一旦事情有变，免至措手不及。他也关闭了城门，在城楼上观望。

张焘与孔有德同样来自皮岛，又是旧识，手下士兵也多是辽东兵，对朝廷的忠诚是毋庸置疑的，但属下那些辽东兵却不这样想，他们与孔有德本就沆瀣一气，听说孔有德的部队受到不公正的待遇，差一点被冻死饿死，不禁生出强烈的共鸣，聚集已久的怨气由此被点燃，即使这些辽东战友不反，他们也要大闹一场，因此当孔有德表现出要攻打登州由辽东人当家做主的意愿，就反映了他们的心声，当时就有一大半人表示愿意归附孔有德。吓得张焘拔脚就朝回跑，一边大叫，“快开城门，孔有德反了！”孙元化急放进张焘，一面紧急竖起三盏白色灯笼，向水城的总兵张可大发出信号。张可大立即集合部队，从侧翼向孔有德冲杀过来。登州是从戚继光祖父三代开始修建，以三面临海的坚石峭壁垒筑而成的军事重镇，又有水城军港，停泊着许多兵船，因此一直有一部分浙江兵在此驻守，军容军纪也延续了戚家军的传统，他们武器精良，许多士兵端着铳枪，孔有德不得不卸下重炮来对付他们。张可大的部队同样持有火器，只是孔有德的部队受过葡萄牙军官团的专业培训，加上有重炮，张可大很快就被打垮了，仓皇逃回水城固守。孔有德目标回指登州，开始攻城。

城上有一部分当地兵，有一百余名葡萄牙军官顾问团教官及炮手，更多的是外来的辽东兵，城墙上大炮排列，酷似坚不可摧的西洋城堡，防守不是问题，但孙元化仍相信自己能说服孔有德，其实他是不希望兵变真的在自己的属地发生。他的脑子很乱，只要有一线和谈的可能，有一线希望就绝不会放弃，不惜一切代价全力争取。他宁愿这是一场噩梦也不愿与孔有德真刀真枪地厮杀一场，一面防守，一面向皇上建议，下诏宽免孔有德，加以招抚。这样崇祯帝和朝中那些大臣对孔有德是剿是抚的决心就迟迟定不下来，处于争执状态。趁此机会，孔有德先让部下三百名士兵假装投降，混入登州城内，与在城里的耿仲明取得联系，里应外合夺取登州。这位耿仲明，也是孔有德的生死弟兄，此时因其弟耿仲裕在东江出事并丢了性命，正愤懑不已，早已生出反叛之心，很痛快就答应了。耿仲裕在东江总兵黄龙手下任都司，手下有个部将李梅因私自出海做生意，被人告发，黄龙将其打入大牢，李梅供出了此案与耿仲裕有干系，黄龙即找耿仲裕询问，耿仲裕矢口否认，但已受到怀疑。而副将沈世魁早就想拱倒黄龙由他取而代之，趁机挑唆耿仲裕闹事，把这位外来的总兵官赶走。耿仲裕即联合王应元等将领带着数百名士兵以兵饷一再被克扣为由，冲进镇衙署，拘拿了黄龙，又把李梅从牢中提出带到演武场，将其一条腿打断，割下耳鼻，以杀死他来威吓黄龙。这时千总尚可喜正在巡海，闻听皮岛发生兵变，带兵上岛突袭了叛军，杀死耿仲裕、王应元，驱散叛兵，将黄龙救出。黄龙吃了场虚惊，仍余怒未消，向朝廷上疏，要求惩治耿仲裕的哥哥登州的耿仲明，说他也不是什么好东西。为此孙元化上疏驳斥，说黄龙对东江治军无方，且贪污腐败，又借机陷害忠良，弄得朝廷一时难以统一结论。耿仲明却被吓得不轻，在这个人人自危的年代，自觉不知什么时候祸事就会降临到头上，正好，孔有德派人来联系，两人一拍即合，决定当天夜里就动手。