他清醒过来，怒问孔有德。孔有德回答的很直接，也理直气壮。

“朱明王朝，主幼臣昏，礼崩乐坏，已非一日之积累，兵士哗变造反，比比皆是，不是孤立事件。前奉调西援，钱粮缺乏，沿途闭门歇业，日不得食，夜不得宿，将士们忍气吞声，行至吴桥，恶官横行，致众兵愤激。君若叫臣死，臣尚惜命，若逼民变，民不得不--”

“说得对，有道理！”耿仲明在一旁说。

孙元化费了好一番力气才认出一旁帮腔的是耿仲明，气得乱跳，“本部堂全力保举二将，又多次向朝廷申明，不应委屈支前将士，为何还要犯上作乱，想必二将对本部堂也视若仇敌?”

“卑职不敢，不敢，”孔有德慌忙跪下去，连连磕头，“大人对在下恩重如山，小的岂能忘怀。在下恨的只是地方官吏和昏庸的朝廷，如巡抚不弃，我等愿拥巡抚为王，一同与明朝分庭抗礼。”

“混账，大逆不道！”孙元化厉声吼叫。孔有德只是磕头，最后他抬起头来。

“实话说了吧，大人，九成兄把买马的银子输光了，弟不忍心看着兄引颈受戮，不得已才率众作乱，还望大人海涵。”

“气死我啦，可气死我啦，你们这是要把我坑死啊！”孙元化昂天大叫，几乎要昏过去，“原来你们早就串通一气，是心里有鬼，什么遭受白眼，缺少食物都是借口，今日本部堂就与尔等做个了断，你们把我杀了吧，本部堂生为大明臣，死做大明的鬼，宁死也不与尔等同流合污，动手吧！”

耿仲明、李应元也跪下了，齐声央求孙元化，但孙元化已经听不清他们说什么了，只求速死。孔有德站起来，向孙元化拱了拱手，“大人不愿称王，去留请自便，末将保证大人的生命安全。”孙元化惊愕地望着孔有德，“你们真放本部堂走？”孔有德说，真的。孙元化说，“这样吧，把张焘，还有宋光兰、王徵也一起放了，本部堂将亲自去京城一趟，向朝廷说明个中原委，你等在此维持治安，千万不可造次，若能立功，尚能赎回些罪来，切切。”孔有德命将张焘等人释放，为孙元化牵出几匹坐骑，一行人哭着出了登州城。

孙元化、张焘等人刚走，孔有德就对登州进行了报复似的清洗，凡当地人全部赶出城去，不愿走的，一律推出杀掉，共有数万民众死于他们的刀下。当耿仲明得知东江总兵黄龙的家眷也在城里，大叫一声，把他们全部抓来，为其弟耿仲裕设了灵堂，就在灵堂前把黄龙家眷的的人头一一砍下，摆放在供桌前。杀红了眼的孔有德、耿仲明、李九成又调兵攻打水城，这里停泊着数十只兵船，一旦朝廷派兵围剿，他们就可利用这些船漂泊于茫茫海上与之周旋，已经做了最坏的打算。这时总兵张可大正厉兵秣马坚守着水城，无奈城墙低矮年久失修，不出数日，水城陷落，中军管维城，游击陈梁谟，守备盛洛战死，张可大杀妾徐氏后自杀。孔有德完全控制了登州，自封自己为都元帅，与大哥李九成，老三耿仲明自称桃园三结义，又派兵攻破黄县，袭扰打劫附近乡村，逼他们供应吃的，一面派人去东江各岛招兵买马，再网罗活跃于渤海、黄海的海盗，兵力由最初的不足两千人发展到八千人，由于大量东江兵的涌入，最后达到两万人。有了这么多兵马，加上有数量庞大的西洋火炮，三兄弟决定攻下莱州。

登州的陷落，让莱州知府朱万年不敢怠慢，加紧部署，把海防兵和城外兵撤入城内，尽最大努力囤积粮草，逐户清查城内的辽东人，各处加强岗哨，军民一体联防，加固城墙防御设施，准备给孔有德以迎头痛击。这时候，孙元化、张焘一行与因在战、抚问题上首鼠两端的山东巡抚余大成在天津相遇，一同被锦衣卫锁住逮京问罪，押入镇抚司。朝廷新命了参政徐从治为山东巡抚，谢琏为登莱巡抚，由谢琏在莱州亲自指挥，徐从治坐镇青州负责全权调度。徐从治觉得自己身为山东巡抚，不如亲临前线更能鼓舞士气，就带着从骑进入莱州。他惊喜地发现，莱州城里还有从通州来援的总兵杨御蕃一队人马。

孔有德将莱州四面围住，用牛车运来红夷大炮，这次吸取了教训也有了经验，他逼迫百姓们将道路铲平、夯实，每门重二，三千斤的大炮由四头牛拉着，速度比以前快多了。数十门大炮对着城墙齐轰，声势震天动地，所到之处，墙体皆应声坍塌，成为废墟。红夷大炮围着莱州城墙轰击，这些炮兵都受过专业训练，这一次用上了，几乎每一炮都弹无虚发，守兵若无坚强的意志，真就坚持不下去了。幸好地势不算险要的莱州城在三十年前经过重建，城墙高三丈五尺，基厚两丈四，有四座门，城下有池水，深两丈，宽四丈，又参照了西洋筑城法，筑有炮台，因此易守难攻。作为辽西的辅助后勤基地，粮草兵器还算充足，唯一的缺憾是，新式火炮太少，多是老式的轻型炮，专业炮兵也不多，但准备得充分，指挥也得当，在徐从治统一部署下，军民同仇敌忾，众志成城，使得莱州成为一座堡垒。

莱州城共有澄清门，景阳门，武定门，定海门东西南北四座城门，徐从治与谢琏、朱万年、杨御蕃各负责守一座门。孔有德攻不下莱州城，改四面环攻为集中炮火主攻一角，攻不下再换另一角，仍是难以得手，守军的炮火还击得很猛烈，原来杨御蕃从京城带来了神机营，也是专业炮兵，由他们操炮并给其他士兵以指导，守军的发炮技术迅速得到提高，况且居高临下，叛军的进攻被一次又一次打退。

此时朝廷仍在剿、抚问题上争吵不休，最终结果是主抚的周延儒一派争得了话语权，向崇祯奏请派辽籍文官张国臣前往莱州招抚。孔有德表示愿意接受招抚，条件是必须恩免他和耿仲明、李九成三兄弟的罪过，他们即降顺朝廷。张国臣得到许诺，心花怒放，命莱州军民和各地援军不许擅自出战，以免破坏了与叛军的和谈。亲历过一次次骗局的朱万年则竭力向徐从治说明孔有德的狡猾、奸诈，徐从治也觉得事情不会那么简单，派人深夜出城，把一封与朱万年，杨御蕃共同签名的奏章送到京师，向皇上忠告，招抚这条路行不通，惟全力围剿才是上策。这时候，全国各地的援军已经云集青州，由于山东巡抚徐从治坐困莱州，无统一指挥，造成援军各自为政，观望不前，朝廷任命兵部右侍郎刘宇烈为总督，负责全权调度各路援军。不想这位刘宇烈也是主抚派，不打算即时进剿，被叛军诈降的甜言蜜语迷惑住了，孔有德抓住时机，派兵绕过明军从后路焚烧其辎重，浓烟烈焰下，刘宇烈不得不率部拔营后撤，没等清醒过来，已被孔有德杀得大败，丢下带来的五门火炮落荒而逃。按照计划，驻守宁海的总兵吴安邦准备从东路夹击叛军，也轻信了叛军诈降的诡计，同样被杀得大败。登州东面的宁海，文登，海阳有几处海防卫所，各卫所驻有防兵，但他们惧怕孔有德，龟缩在原地不敢轻举妄动，以至孔有德提到这些军队就现出极度的轻蔑，“他们，只要听到炮响，魂都能吓飞。”

莱州军民在援军迟迟不至的窘境下，依然顽强坚守。至四月中旬，山东巡抚徐从治刚刚登上城楼，就被一发飞来的炮弹击中，不治身亡，军民为徐大人的义节深深感动，更激发出奋勇，边流泪边向叛军发炮还击。而远在京城的崇祯帝并没看到从这里发出的泣血联名奏折，还在进行招抚工作，又任命耿仲明昔日的好友东江将领孙应龙前往登州宣示皇恩。孙应龙先写了封信给耿仲明，告诉他随身带来了圣上的旨意，耿仲明立即回信，说他已把孔有德干掉了，人头就在手上，可速来登州水城受降。孙应龙得意地叫了一声，率领舰队从天津起航，一路唱着歌直趋登州水城。就要靠港了，他看到了正在那里迎接他的耿仲明--毛有杰，身后排列着整齐的卫队，他还是那样高大，面色黝黑，扬起的一只手雪白雪白，另一只白手拎着一颗人头，不用说，那就是孔有德的人头了。孙应龙压抑住激动，先整理一下衣冠，要摆摆架子，等船队完全进港，士兵抛了锚，搭好舷梯，他高昂着头走下船去，踏在地面上，他故意不瞧耿仲明，从袖口里抽出圣旨，准备拿腔拿调地给他宣读一番以显示朝廷的威严。这时耿仲明突然从腰后拽出一把短刀，这是信号，身后的卫队立即动手，举着刀枪冲过来，一场大屠杀开始了，孙应龙及上岸的水兵全被杀死，叛军又跳上船头，一一控制并夺取了舰队。