受过孔有德袭击的总督刘宇烈正坐镇青州忐忑地观望着局势的进展，这天意外地收到了叛将孔有德写来的请降书，信中详细陈述了自己的委屈与无奈，说得句句是泪，他特别提出只要莱州的几位文武大员亲自出城宣诏，他们就投降。刘宇烈不由得喜出望外，派推官屈宜阳带着这封信去给莱州的谢琏等官员看看。登莱巡抚谢琏同样是一番激动，立刻命莱州知府朱万年先出城与孔有德洽谈，朱万年虽心存狐疑，但城中官员只有他与孔有德有一面之交，只得服从命令，小心地开了南城门与孔有德见面。没想到朱万年一出城，孔有德就毕恭毕敬跪到地上，口称朱大人在上，罪臣孔有德死罪，说得悲悲切切，眼泪鼻涕齐飞，还抱怨说，“大人怎么一个人出来，难道不相信罪臣吗？”朱万年向他解释，“皇上的诏书不知在谁手里，臣僚们正在查找，怕你着急，本府就先出来打个招呼，也好商定一下宣诏的具体日期。”孔有德一拱手，“最好明天就宣诏，一定要让所有莱州官员都到场，连朝廷派来的官员也在场，罪臣才放心。”朱万年一笑，“城中有两位监军太监，明日一起出来，这下孔将军总该放心了吧。”孔有德又连连磕头，“放心了，放心了。”朱万年迈着轻快的步子返回城内，绘声绘色地描述了这幕场景，谢琏很高兴，他看不出这里面有什么破绽，决定请监军翟公公和刘公公及总兵杨御蕃明日上午一同出城宣诏。杨御蕃对此却不敢轻信，根据此前孔有德屡屡的言而无信反复无常，他觉得这里面好像有什么弯弯绕，坚持自己留下来以防万一。谢琏已经沉浸在招降的喜悦中了，马上同意了，又向朱万年敬了杯酒，“朱兄，知道明天是什么日子吗，七夕节，牛郎织女相聚的日子，让我们提前为这个离散又团聚的日子庆祝吧。”
第二天上午，风和日丽，做了一夜好梦的谢琏、朱万年与监军翟公公、刘公公捧着圣旨威风八面地出了南城门，孔有德正笑容可掬地恭候在那里，两旁的士兵卫队也都背转过脸，站在那一动不动。经朱万年介绍，谢琏看到了孔有德的尊容，这副印象怕他一辈子也不会忘掉，对于这位猪嘴獠牙的叛将，谢大人甚至后悔出来招抚他。两个太监也皱起眉头，虽然他们知道常人对公公的模样有些不能接受，但孔有德的长相之狰狞、凶恶，尤其笑起来时露出的一嘴獠牙，连他们也感到厌恶，甚至恨不得一刀把他剁了才好。俩太监大大咧咧地走到孔有德面前，对孔有德就有点傲慢，翟公公高叫一声，“孔有德听旨！”孔有德并没跪下，而是向谢琏发问，“大人，怎么就你几位，京官来了吗？”谢琏指了指太监，“监军，还不够吗，何况还有圣旨？”“监军？”孔有德在刘公公脸上扫视了一下，又朝人家裆处瞧，那样子要来抓一把，这使刘公公勃然大怒，“放肆！”孔有德咬牙切齿，一阵冷笑，“我要的不是太监，是杨御蕃大人，刘宇烈大人。来人！”他喊一声，士兵们齐回过头来，孔有德大喊，“把他们捆起来！”两位监军当时就吓傻了，谢琏也瘫到地上，朱万年一边挣扎一边回身大喊，“快关闭城门！”孔有德抽出刀来一刀劈下了他半边脸，他哼都没哼一声就倒下了，守军趁机关闭了城门。
青州，刘宇烈还在等着谢琏招抚的好消息，却接到了杨御蕃派出的信使送来的莱州官员受骗被俘、朱万年被杀的噩耗，紧接着是各路援军头目接踵而至的哭诉，“总督大人，在下被孔有德骗了！”“末将不才，上了孔有德这小子的大当！”“在下也被他骗了！”“这小子也把末将骗了！”刘宇烈再也控制不住自己了，跌坐到地上呼天喊地，放声大哭，那些将领们也跟着哭，刘宇烈哭得上气不接下气，又像被气得大笑不止，那些将领也跟着大笑，众将领的表情全都一样，又哭又笑。他们挥去了泪时，不由得面面相觑，说不出这个不念书的孔有德究竟有多大的能为把这么多秀才举人出身的文官武将耍得团团转，几乎变成了疯子。
幸运的杨御蕃独自率领军民继续坚守莱州城，每天要轮番检查各城门，一个人担负起以往几位官员的重任，明显的要累垮了，但他年富力强，精力也充沛，只要一刻没倒下，就坚持到底。莱州军民的顽强抵抗也让孔有德身心疲惫，失去了最初的激情与冲动，此时攻守双方都知道，城内的粮草弹药经不起这样的消耗，早晚有弹尽粮绝那一天，那将是战局的最后转折，就看谁能咬牙坚持到最后一刻。这时青州众将官气急败坏的哭声已传到朝廷，崇祯终于下了决心：举全国之力，剿灭叛军。又派下文官朱大典接替山东巡抚，以太监高起潜为监军，率两万兵马驰援莱州，在山东境内观望不前的各地联军也接到命令：即刻向莱州进发。
这个消息对孔有德来并不算一件事，他根本就没把这些外地兵马放在眼里，他的登州城至少有各种火炮三百门，铳枪也有两三千支，而且墙高壁厚，弹药充足，粮食够吃上几年。但对于他的恩人，京城囹圄中的孙元化，就灾难临头了；朝廷支持招抚，孙元化还不算有罪，调子改变过来，力主讨伐，孙元化就被挟裹在叛乱的漩涡中，洗不清自己；本来他就有许多政敌，仅仅因为有他的老师大学士徐光启，孙承宗以及首辅周延儒一班重臣的护佑，才没被提到议事日程上来。现在，外有陕西道试御史余应桂，内有兵科给事中李梦辰，路振飞激烈弹劾，更有背后的礼部尚书温体仁想借此打击徐光启继而拱倒首辅周延儒由他取而代之，演变成一场权力斗争，孙元化的处境就不妙了。在言官们眼里，孙不仅不尊孔孟，具有异端思想，还数次包庇孔有德，对登州火器悉数落入叛军之手应负主要责任，兵变愈演愈烈，叛军猖獗，其劳师靡饷及恶劣的政治影响也不是他一颗脑袋所能挽回的。孙元化因此遭受了酷刑，孙承宗已被罢免，周延儒试图联合徐光启一同向皇上求情，宽免这位制炮奇才，但他们说不出理由，徐光启也自身难保，连崇祯帝都被朝臣问住了；孙元化在政审上是个另类，他怎样混入官场的，在有明历史上根本就找不出第二个例子。言官们要他死，一定要让他死，他死了徐光启就会受到株连，赶走了徐光启，周延儒的首辅地位也会发生动摇。在如此汹涌的舆情下，孙元化被押到西市斩首了，与他一同绑缚法场的还有忠心耿耿的原东江将领张焘，原山东巡抚余大成给予罢免处分。徐光启被迫提出辞职，回到原籍，一年后，郁郁而终，孙，徐之死，明朝兵器向近代化过渡的军事革命就此止步，胎死腹中。
各路大军纷纷向莱州城涌来，孔有德感受到了压力，他发现援军不仅有四川兵，有京师各镇兵马，也有关宁兵，加上地方上的武装，人数至少有五六万。他知道大凌河的战事结束了，朝廷正腾出力量全力围剿他。毛文龙生前怕袁崇焕，而他怕祖大寿，现在，他看到了辽东总兵金国奇及靳国臣，祖大弼，祖宽的旗号，估计人数不会少于五千，此外还有吴襄、吴三桂的部队，也多是久经战阵的强悍之兵。他急忙与李九成、耿仲明商议，决定从莱州撤围，退守登州。
部队刚刚回到登州，明军就把登州围住了，经过一番准备，开始攻城，战斗打得异常激烈，孔有德把所有能搬上城墙的大炮都用上了，围军也从各地运来大炮向城上猛轰，兵士们不分昼夜从四面突破，守军用铳枪向下射击，明将副总兵丁思候，裨将程仲文，祖邦楼相继在攻城中战死。在登州府衙，孔有德与李九成、耿仲明紧急商议对策，耿仲明说得很干脆，“实在不行就投奔皇太极，兄弟早就想到了。”孔有德说，“那是咱们的仇人哪。”李九成的表情十分庄重、凝重，“只有这一个办法了。兄弟，守在这里，早晚是死，去别处，也还是死。到了建州，我等献上这些大炮、炮兵和制炮的工匠，就是首功一件，皇太极要掂量不出孰轻孰重，那他就是个傻子。”孔有德想了想，叹了口气，“这就是命运吗，也许吧。”他让李九成多集中火炮，守卫住水城，那里有大量的船只，是全军的生命线。又写了封信派人渡海去辽东。
半个月过去，信使没有回来，他又写了一封信，信使仍没回来。这时明军的攻势更猛了，有哨探报告，总兵吴襄已率军攻克了黄县、招远，辽东兵损失惨重，伤亡、被俘近万人。孔有德不由得心惊肉跳，这时又一个不幸的消息传来，李九成被关宁军祖宽所部射死在敌楼。孔有德彻底绝望了，给皇太极写了最后一封信，决定突围。这天夜里，他让耿仲明带数千家眷从水城登船，携二十门新式大炮先行一步，自己率军在城上向明军射光了最后的炮弹，随后领着近万名士兵及制炮工匠匆匆登船，经过一番激烈的枪炮射击，冲破围军的阻截驶出莱州湾，进入茫茫大海，目标是庙岛群岛对岸的辽东半岛。这时是二月，旅顺口的部分海面还没解冻，驻守旅顺的东江总兵黄龙得知孔有德出逃的消息，立即做好准备，他在这里已连续截获了孔有德写给皇太极的三封密信，不由得暗自庆幸，“好小子，若不是密信落在本镇手里，你真就跟建虏勾搭上了。”这时身边的部下告诉他，孔有德就是当年皮岛上的毛永诗，耿仲明是毛有杰。黄龙不由大叫一声，跳起来了，“好呀好呀，原来是毛永诗、毛有杰，毛文龙的干儿子，怪不得你们生出不臣之心，今天本镇就在这里等着你们，要好好地犒劳犒劳二贼！”他命令士兵沿海岸线埋伏好，严阵以待，又命驻扎双岛上的尚可喜率舰队破冰出海巡游，严密监视登州一带的动向，一经发现孔有德向辽东逃窜的踪影，立刻截住给予歼灭。尚可喜的船队出发了，航向是莱州湾，但他们在夜间突遇大风，船只被吹得七零八落，乱了队形，他自己也稀里糊涂地被吹到到莱州湾，这时孔有德的舰队已靠近了旅顺口。借着月光，孔有德命令部下两千人踏着冰面摸上岸去，不想中了伏兵的突袭，士兵死伤近千人，部将毛有顺，毛承福被擒，孔有德只好向广鹿岛，长山岛一带漂泊，幸好守岛士兵俱为响应登州叛乱的毛文龙子毛承禄的部下，未做抵抗即表示归顺，孔有德总算找到了一处落脚之地。这时他知道了给皇太极的书信都被黄龙截获，恨得咬牙切齿，发誓一定要把此人碎尸万段。他又给皇太极写了封乞降书，信中袒露了对明王朝的失望及怨恨，对大金汗的景仰，说自己带来了兵船百余艘，最新式红夷大炮二十门，还有七千余人的武装、八百名专业炮兵及数千制炮工匠。最后他说，“汗若有眼光，必不会错过这个千载难逢的良机，臣愿与汗共创一番伟业。”他找来副将刘承祖、曹绍中及张文焕，千叮万嘱，“你们带几个弟兄假扮成渔民，趁夜乘船绕过双岛去盖州，把这封书信送到沈阳，有回信就赶快回来。全军一万多将士及家眷的性命都系在你们身上了，一定要加小心再加小心，本帅等着你们的好消息。”三将领慷慨回应，“请元帅放心，末将熟悉这条海路，如一切顺利，五日内必回。”
三月的旅顺外海，冰层在悄然融化，从南方吹来的风势很猛，渔船在夜幕中悄悄出发了，孔有德目送着他们，直到看不见帆影。
从盖州到沈阳，不到四百里路程，一路全是平原，中途的鞍山有一处驿站，负责换马供驿卒休息，前面有太子河、浑河两道渡口。驻扎盖州的岳托派五十名八旗护卫拥着刘承祖、曹绍中两匹坐骑，马不停蹄，一路疾驰，不到三个时辰，进入沈阳城。穿过街巷，到了午门，护卫入十王亭报告并递上书信，值班的大臣立刻派内侍转送皇太极。
不一刻，皇太极带着众贝勒大臣从崇政殿跑出来了，他一手拉住刘承祖，一手拉住曹绍中，老朋友似的回到大殿，完全不顾了礼仪，彼此就像熟人似的唠上了,主题就是，孔有德想汗之所想，急汗之所急。意外的惊喜使得皇太极过于兴奋，他处于狂喜之中，尽管平日不苟言笑，突如其来的好消息惠然而至还是让他高兴得发疯，禁不住咧开嘴笑起来。他一面令侍从给使者敬酒倒茶，一面寻问孔有德全军的处境，刘承祖、曹绍中简短介绍了叛逃的经过以及船队的窘迫现状。皇太极马上让范文程复信，请两位信使和五十名八旗护卫吃了顿便餐，催他们立即返程。一行人策马出城，朝盖州的方向飞奔。他们到了盖州，等在那里的张文焕激动得两手颤抖，流出了热泪。众人迫不及待等到天黑，驾起渔船返回广鹿岛。
孔有德，耿仲明看信后都哭了，万余将士工匠及眷属有救了。按照皇太极的指令，百余条战船调转船头，扬帆朝皮岛方向驶去。此时明东江副将周文郁正率船队在鸭绿江口外拦截，但被孔有德船上的大炮吓退了，他们只跟在后面纠缠。孔有德的船队进入鸭绿江，逆水而上，周文郁判断，他们是要在镇江九连城上岸，决定乘叛兵上岸之机趁乱打他们一个措手不及。周文郁的船队刚进入鸭绿江，一眼看到了江两岸醒目的旌旗和旗下排列整齐的八旗兵，恨恨地骂了一声，命舰队返回皮岛，赶紧向朝廷报告。
贝勒济尔哈朗，阿济格，杜度迎接孔有德大军上岸。士兵们将战船拴牢，忙着向岸上移动红夷大炮，万余名将士及眷属、工匠又踏上了辽东的土地，吃到了久违的家乡菜酸菜白肉炖粉条，嚼着大块的猪肉牛肉，喝起热辣辣的烧酒，勾起了他们儿时或少年时代的回忆。山河依旧，草木依旧，还是那样熟悉的平原，令人敬畏的大片大片的森林，房屋建筑也都似曾相识，但男人们从此要剃去大部分头发在脑后留一条小辫，与当地来来往往的人们一样，不再是大明的子民而是大金的子民了。尽管女真服饰让他们有些不适应，但有一点是肯定的，这种衣着暖和，更适于在寒冷地带生活，他们觉得进入了另一个时空。