沿海的倭寇也越来越猖獗。倭寇本系日本浪人、武士、走私商人的组织，一面通商，一面抢掠，自成祖以来就有发生。到英宗一朝，由于沿海卫所空虚，没有常备，只有民戍，有事时往往临时纠合渔夫、民丁防守，又由于沿海闽、浙大姓以至无良商人，常克扣和拖欠倭商货价，贵官势家拖欠愈甚，索取愈急，他们越以谎言相誑，再不以危言恐吓。代宗时日本贡使所带十倍于贡物的私货，明廷也颇加轻视，仅给银三万四千七百两，不到其物价的七分之一。到世宗时，因日本将军义晴的使者瑞佐，宋素卿等与大内义兴的使者宗设等在宁波，绍兴自相厮杀，宗设杀了瑞佐并驱逐宋素卿，明廷停止了日本的通商和进贡关系。倭人即进行有组织的海盗行动，不仅正式商人成为倭寇，一些诸侯也加入其中，为其提供支持和掩护，甚至打起“八幡公”的旗帜，号称“蝴蝶军。”由于明朝农业的日趋衰落，沿海一带聚集了大量的无业游民，他们中的一些人受雇于倭人，加海上巨盗汪直、毛海峰、徐海、陈东、麻叶等都与倭寇合股，倭听其指挥，就以沿海岛屿为巢穴，对大陆肆行抢掠。其实从数十到一万以上的倭寇，真倭不过十之三。这些海盗都熟悉地理和风土人情，加之闽、浙大姓或为利益或被迫通倭，或为倭内应，使得朝廷难于应付，最后将广东以外的海口全部封锁。这又促使以海外贸易为主的华人巨商从事走私活动，与倭寇暗中往来，局势变得更复杂化了。嘉靖三十一年，明廷终于下了决心，派王忬率兵进剿，但倭寇行踪不定，一部分被剿灭，又有更多的倭寇骚扰沿海其他地方，从江浙到山东、福建，广东潮州，明军防不胜防。后朝廷派戚继光、俞大猷组织大规模围剿，戚继光采取于谦的办法，将老兵全部撤换，从民间招募新兵加以训练，战斗力空前提高，加上组织沿海军民自卫，倭患才渐次平定。从此以后，明朝的军队由世兵制改为募兵制，军屯取消了，增加了粮食和财政上的负担，更让带兵官们有空子虚报兵饷、吃空克扣，导致腐败进一步加剧。

崇祯看到了后三朝。从万历年间，天气就开始出现反常，一年比一年冷，致北方地区庄稼普遍欠收，农民更苦了。他首先看到的是历经穆宗，神宗两朝的名相张居正的改革新政。因倭寇绝迹，张居正解除了海禁，并对蒙古人采取较为公正的互市政策，使得双方的紧张关系得以趋缓。减轻了外部压力，张居正得以着手解决吏治，力图打造出一种相对廉洁的空气氛围，这都能从前朝于谦采取的诸种措施中看到一点影子。他还重新丈量并查实了全国的征粮土地，为七百零一万三千九百余顷，这比弘治时期增加了近三百万顷，是个不小的进步，但较洪武二十六年的八百五十万顷耕地，还是大量减少，可见此时的农业较前明的衰落和退化。大户兼并土地、两极分化日益严重，自然灾害造成的耕地荒废，为躲避“诡寄”，“挪移”和“飞洒”，一些农民纷纷逃亡，跑到城里与市民争食口粮，导致粮价直线上涨；粮价越高，大户越囤积粮食等着待价而沽大捞一笔，形成恶性循环，正严重威胁着明朝的根基；耕地总面积知道了，有多少流民逃亡却无法统计，这是很可怕的，巨大的隐患让张居正寝食不安，他采纳了辅臣海瑞的建议，决定实施“一条鞭法”，即将所有地税、贡纳、徭役、人头税等都归入田赋里面来避免增加农民的额外负担。有一点他很清楚却不敢触动，就是越封越多的各地藩王的优厚俸禄，仅河南一地就有八家藩王，号“八王”。这位首辅确实做到了鞠躬尽瘁，尽力而为，直到生命的最后一刻仍不放弃。但张居正为人比较圆滑，他不像于谦那样清高孤傲，从前首辅严嵩那里学到了一些左道旁门，乖巧地处理了与两宫和宦官的关系，从而减小了阻力，加上入阁时神宗只有十岁，因而成就了他十年的辉煌政绩。他死后，却遭到弹劾，家被抄了，生前的封号全部褫夺，所实行的新政也前功尽弃，日渐走样。仅仅一年后，万历十一年，辽东总兵李成梁又鬼使神差地误杀了努尔哈赤的祖父觉昌安、父亲塔克世一家二十余口，连朝廷也感到震惊。爱新觉罗氏家族自永乐三年接受成祖招抚被封为建州卫指挥使以来，二百余年世世代代为明朝戍边，可谓恪尽职守，他们为什么被杀，明廷甚至解释不出原因，后将李成梁撤职，给了努尔哈赤三十道敕书，马三十匹，封其为龙虎将军建州卫都督了事。诡异的是，努尔哈赤也没提出过份要求，他只向明廷索取建州左卫图伦城女真头领尼堪外兰，指责这个阴险的家伙向李成梁说了坏话才使祖父觉昌安和父亲塔克世被害，遭到明廷的拒绝后，努尔哈赤开始攻打尼堪外兰的部落，继而余怒未消地征讨哈达、辉发、乌拉等部，这看上去更像是野蛮人之间内部的争斗。但明廷没有忘记，控制女真人最好的办法就是分而治之，使各部落互相牵制，一旦他们成为一个整体，就不可高枕无忧。努尔哈赤不断兼并其他部落，明廷感受到了压力，最后不得不把尼堪外兰送交给努尔哈赤，努尔哈赤杀了尼堪外兰，对其他部落的军事行动确有减弱，但此后他攻打其他女真部落的理由都是因为他们不听话，对明朝不忠，就像只有他才对明朝忠心耿耿似的。