高迎祥、李自成从凤阳撤回河南与过天星会合，后又进入陕西。明军尾随而来，但追剿拖沓，并不顺利。朝廷根据温体仁的建议，减轻陕、甘、晋、豫、鄂五省的税赋，他们没考虑到的是，这五个省，逃民最多，具体数字根本无法统计，人口不确，有多少黑户不确，饿死多少人不确，反而便宜了那些善于玩弄诡寄、挪移、飞洒的豪强大户，为他们减了一笔负担。官军所到地方具体执行也遇到困难，主要是朝廷发放粮饷行动迟缓，每至延误军事行动，带兵官更愿意就地征敛，从中也能为自己捞一把。因而造成了民众普遍的怨恨，多倾向于义军。民众心系义军，高、李也就如鱼得水、消息灵通，最终诱杀了骁将艾万年、曹文昭。崇祯帝十分恼火，此时洪承畴正在陕北力剿李自成，又因阿济格率清兵再次叩关、卢象升被调往宣大任总督，遂派右佥都御史孙传庭巡抚陕西。
孙传庭是山西代州人，一副红脸膛，相貌酷似关公，一看就精力充沛，对陕西一带的地理很熟悉，他是万历四十七年进士，因对魏忠贤专权不满愤然辞职回乡，后崇祯招他进京任吏部验封郎中，由于业绩出众，被提为顺天府丞，又升至右佥都御史。孙一到陕西就招募起一支以秦人为主的新军，并指挥这支军队迅速剿灭了商洛农民军头领整齐王及手下武装，一举成名，接下来他要面对的是匪首高迎祥，他发现，高迎祥的队伍里有一支腰鼓队，他们走到哪里小鼓就敲到那里，凭着他特有的敏感，决定以追踪小鼓声牢牢地锁定高迎祥。
高迎祥义军正在陕西活动，由汉中出陈仓，谋划着由子午谷进攻西安。孙传庭这次却没有尾随追踪，他提前做了预判；从子午谷到西安数百里的路程多为荒野穷乡，中间的一座小城盩厔也不足以养活高迎祥的大军，到那时他们必然人饥马乏，正是消灭他们的最好时机，因此急令总兵祖宽、李重镇、倪宠、牟文绶四镇人马抢在义军之前于盩厔以北四十里的黑水峪一带山林里设伏。与此同时，洪承畴带山东、河南、湖广的官兵已进入潼关，堵住了义军东出中原之路。
农民军照着自己的计划行动，他们的眼睛只盯着州县城池，小鼓声却暴露着高迎祥的行踪，尽管明朝的官员们讨厌甚至憎恨这种声音。当高迎祥得知潼关一带有官军把守，遂与李自成商议，兵分两股，由李自成、过天星率主力绕道豫西进入陕北，高迎祥按原路北上，两下夹攻，突袭西安。这却是孙传庭最愿意看到的，他紧紧盯住高迎祥，置李自成大军于不顾，带贺人龙率秦军加速赶往黑水峪。
高迎祥一军到了盩厔，发现这是个穷地方，从此处到西安还有几天的路程，粮草注定难以为继，他临时改变了计划，决定走小路到黑水峪，以期迅速抵达西安。他的部队沿荒山野岭悄然行进，小鼓不敲了，虽然急促向前，却没想到，孙传庭的伏兵正在山林里等着他们。
七月的荒郊山野，天气还很热，看不到人烟，只有密集的蝉鸣在进行一场场大合唱，一些鸦雀不时飞起来又落入远处的树丛之中，显示出的是一派平和景象。前锋张二，一斗谷黄龙已行至黑水峪地方，渐渐进入官军的包围圈。
孙传庭没听到小鼓队的刺耳声响，却看到了小鼓队的身影，他们完全进入了视线。孙传庭在山上注视着这些贼寇，看到“古元真龙”的旗号时，心中不由得一阵激动。高迎祥、射塌天的中军大队走过来了，完全进入了伏击圈，孙传庭举起了令旗。高迎祥在马上正思考着进围西安的具体细节，忽然听得一声炮响，不由得抬了下头，两面的伏兵已从山上杀出，弓矢枪弹如暴雨般射来，许多人连反应都没来得及就横尸于地。高迎祥说声“不好！”急令部队分路迎敌。官军冲过来了，双方展开了厮杀，十数万人混战在一起，人喊马嘶，从中午到下午，一直打到天黑，双方才收兵，就地扎营形成对峙。次日，又开始激战，义军一心想突出重围，官军岂能让他们跑了，个个奋勇，凭借有利地形居高临下令将义军牢牢控制在包围圈内，使之不能前进一步，义军几次冲锋都被击退。
打到第四天，双方激战正酣，天空忽然阴云翻滚，一声霹雳在头顶炸响，大雨倾盆而下，双方在雨中厮杀，死伤的将士鲜血顺着身体流向地面，融入雨水中形成血河再顺坡向下流淌。更糟糕的是，官军有备而来，粮草充足，越战越勇，义军的粮草已经用尽，出现了断粮，人困马乏，饥饿至体力不支让他们渐渐有些招架不住，他们步步后退，收缩起队形，包围圈越来越小了。
杀到夜晚，射塌天率部队趁黑突围，拼死杀开一条血路冲了出去，仓皇逃走。众多的义军却没有这样幸运，他们陷入重围中无法脱身，成百上千地被杀死，官军步步紧逼，他们只能拼死抵抗。接下来义军队伍里出现了混乱，由于两天没有进食，许多人因此虚脱、生病，快要支持不住了。高迎祥不得不下令杀马充饥，包括他自己的坐骑。部将张二、一斗谷是半路来投高迎祥的，本想跟着混点银子，他们可不想陪着“闯王”一起死，几个人把高迎祥的坐骑拉走后，借着夜雾逃得无影无踪。高迎祥成了孤军，面对绝境，他悲怆地下了命令，命腰鼓队敲鼓吸引官军，掩护弟兄们分散突围，能跑一个是一个。二百人的腰鼓队本是和平之师，他们没有兵器，只能拼命地击鼓，排着队猛敲小鼓迎着官军走去，以此吸引官军的注意，让闯王有机会脱身。官军把他们围上，他们继续敲鼓，此时敲鼓就是救命，他们都是饥民，没有高迎祥早就饿死了，对闯王是忠心耿耿的，甚至不惜献出生命。他们知道，这是今生今世最后一次敲鼓了，因此每个人都很认真，鼓点始终不乱。官军的屠刀抡过来了，他们仍在敲鼓，前面的鼓手被杀死，后面的接着敲，直到最后一个人被杀死。
除少部分人突围，高迎祥所部全军覆没，官军却没有找到高迎祥的尸体，总兵贺人龙觉得蹊跷，命部队搜山，拉网式排查，重点在小鼓队出没的地带。经过反复细致的搜索，士兵们在一处草丛中发现了高迎祥遗弃的王冠和盔甲，断定高就藏在附近。经加大力度搜索，终于在一个草坑里把高迎祥逮住，五花大绑地捆起来，押到大营。
“闯王”高迎祥被活捉，孙传庭、祖宽、李重镇、倪宠、牟文绶，都想看看这位匪首巨寇究竟是何等样人，他们看到被缚者就是个老实巴交的农民，一面惊愕于如此一个泥腿子能把大明朝搅得天翻地覆，又忍不住大笑不止。孙传庭看到高迎祥的可怜相，甚至想给他松绑，跟他老朋友似的叙谈一番。高迎祥也笑了，说得很谦逊，“在下，一只不起眼的小耗子，让各位大人见笑了。”孙传庭问他，“小耗子为何要造反，你就不怕死？”高迎祥回答，“怕，怕饿死，蝼蚁尚且偷生，何况人乎，我等正是为了活命才铤而走险。”“就不怕千刀万剐吗？”高迎祥点头，“其实饿死的滋味就等于千刀万剐。大人若不信，饿你五天试试，到时候有什么感受，就是在下当初的感受。”祖宽等人问他，“你是不愿做安分之人了？”高迎祥反问，“你们是不是想让在下饿昏在地高呼一声圣上万岁，死后给我立一块牌坊，给全村饿死的人都立一块牌坊？”孙传庭说，“怎么，你不乐意？”高迎祥回答，“有人乐意，也有人不乐意，其中一个就是在下。”孙传庭说，“那你可出名啦；要把你送到京城，让沿途数千里的百姓都看看贼王的模样，连皇上也要见识一下你的尊容呢。”高迎祥说，“好哇，见皇上。一个泥腿子能有这么大的福分，也不枉活这一生了。”孙传庭怒斥他，“你还觉得这有什么光荣吗？”高迎祥回答，“其实我根本就没想推倒大明朝，也没有这份雄心壮志。在下没念过书，更没念过兵书，就是一个种田人……”然后他重复起跟后金使者说过的话，“我信命，因为陕西出过秦始皇，出过唐太宗，又出了李继迁，还能有人再横空出世攫取乾坤吗，这都是官府逼的。”孙传庭大吼，“朝廷已经赦免了你，为什么还反！”高迎祥一字一句地回答，“城里有种田人的血汗、本属于我们的银子，我们找的是银子！”“找银子打出‘古元真龙’旗号，小鼓敲到凤阳皇陵去了！”高迎祥说不对，“那本是种田人用来庆丰收的，变成了战鼓，我说过，那不是本愿，我倒更愿意因为粮食堆积如山去感谢天恩，显示我等对皇上的一片忠心。”“孙传庭哼了一声，“别说梦话了，你已获罪于天，罪无可赦，朝廷绝不会饶过你！”高迎祥脸上现出一丝茫然，“我没有罪，有罪的是吃人肉喝人血的贪官污吏！”几个众将领同声咆哮，”“明天就送你去京师，看你能挺多少刀！”一滴眼泪从高迎祥的眼中迸溅而出，他摇摇头，“大明朝真的没救了，毁就毁在你们这些乱臣贼子的手里！”众将领一阵冷笑，高迎祥也跟着冷笑。