卜从善带兵驾船进入开封，将朱恭枵、高名衡众人救出，送到黄河对岸。

驻足高处的李自成，鹰一样的眼睛望着汹涌的洪水流过，有些出神，他很清楚，如果没有这场大水，城破之后也将是报复性的屠城。他震惊于开封是河南唯一没遭饥荒肆虐的城市，也是唯一不欢迎小鼓队的城市，可以说是富人们的天堂，结果却是这样，一座繁华的省城瞬间成为泽国，他默默无语！望着这片汪洋景象，他开始挠头，众多浮尸在水中漂荡，头顶万千的水鸟和乌鸦们在头顶尖叫、盘旋，他思考了好一阵，最后下令全军撤离开封，退往朱仙镇。

崇祯帝派李自成的老冤家孙传庭走马上任来对付义军，以改变局势。崇祯最初派他往陕西本是接替汪乔年的总督职务，不想汪乔年战败遭擒杀，因此迁怒于督师丁启睿，将他削职回籍，又改任孙传庭为三边总督。孙传庭曾做过三边总督，重又干起老本行，内心自然有一番感慨。他的前任杨鹤、洪承畴等人，都有过显赫的剿贼业绩，孙传庭在洪承畴属下期间也曾生擒高迎祥，打得李自成只剩下十八骑狼狈而逃、几乎全军覆没，现在他东山再起可以说是崇祯最后的一张王牌了，拯救明朝的重任落在了他的肩上，他自知责任重大。就孙传庭而言，他从灵魂里就瞧不起李自成、张献忠，不过是一群打家劫舍啸聚山林的强盗，对付他们他有的是手段，但这些人乘他遭皇上弃用期间骤然发展到百万之众，且日益嚣张，这是他没想到的，不能不引起他的重视，把这当做一件大事。他的脸本来就红，如同关公，这反映着他的气质和血性，此时更像是忍受不了某种刺激在脸上的激情外露。他的思路很清晰，主线就是把注意力集中在贼寇的小鼓队身上，从小鼓队身上下手，小鼓队，即是李自成。他暗暗发誓，一定要让这恼人的鼓声在中原大地消失，把李自成生擒活拿，像送高迎祥一样把他送到京师献俘。“但是”--他对自己说，“如今这个小耗子已成为通天的精怪，需要做出百倍的努力。以后的情况也许会更复杂，且有许多意想不到之处。”他好像能看到李自成那张凶恶又丑陋的面孔，一双闪动着狡黠的智慧和不可捉摸的鹰一样的眼睛，在同他对视。

孙传庭在李自成恢复对开封的包围期间两人就有过一次接触，当时崇祯命他速速出关救援开封，还给他下了一道密令，顺便处死贺人龙。贺人龙是陕西猛将，绰号“贺疯子”，但在两年前，杨嗣昌围剿张献忠、曹操时，及在后来的项城和襄城两次战役中，贺人龙都以不战而逃著称于军中，前者导致了张献忠突破重围，率军直入四川，后者更为严重，他抛弃主帅逃之夭夭，造成督师傅宗龙、汪乔年被杀。贺人龙与李自成是老乡，同是米脂人，且此前李自成还派高杰去贺人龙处游说过他背叛朝廷，加上杨嗣昌说过的坏话，混杂着种种流言一同传入京城，崇祯据此判断贺人龙有通敌之嫌，密令孙传庭将他除掉，以绝后患。孙传庭到了西安督师府，召集众将进见，众人坐定后，他突然点指贺人龙，数他多项罪名，令旗牌官扒掉他的冠服。贺人龙不服，争辩说当初他不卖力气是督师杨嗣昌许给他“平逆将军”后又食言，项城和襄城之战中他也有苦衷，陕西兵去解救左良玉军，左良玉反而丢下陕西军队自己逃走，导致他的部队最终溃败。他手下一般将领魏大亨、周国卿、贺明威、贺国贤、高进库等等也都为他鸣不平。孙传庭对此不置可否，只冰冷着脸色从袖中抽出圣旨，令众将听旨。将官们都跪下去，孙传庭高声宣旨，“总兵贺人龙，私通流寇，图谋不轨。襄城项城两丧督师，人龙拥兵不救，实属辜负国恩，法难宽贷，着督师孙传庭会同该省抚按，即行传旨正法，以昭炯戒。钦此。”手下那些部将不敢吭声了，贺人龙不由得昂天长叹，“人龙为国十年效命，今日竟落得如此下场，罢，罢，是非只有天知道。”孙传庭令旗牌官将他拖出去斩首，任命叛将高杰接替贺人龙总兵一职。这样，孙传庭就统领起贺人龙的陕西兵，左良玉的湖广兵，虎大威的保定兵，加上一些来凑数混饭吃的杂牌军，孔贞会的四川兵，刘清泽的山东兵，朱大典的南京兵等，在李自成义军幸灾乐祸的欢呼声中，一同会剿李自成。

孙传庭汲取了各地官军互不配合的深刻教训，希图让三个主力军人员互相调换，消除地方观念，将士们到了其他部队，仍只认自己的老乡，战斗力依然不见起色。朱仙镇受伏击大败，左良玉远逃到襄阳，杨文岳躲在汝宁，孙传庭只好退回陕西休整。三地军队创伤满痍，无法重新集结救援开封，活像一群冷漠的危情旁观者。这时前兵部尚书候恂又说怪话了，向崇祯疏言，“目前我军只剩了孙传庭一点家当，一旦拼光了恐明朝就不存在了。依臣之见，不如放弃中原，还可与贼周旋，望皇上三思。”崇祯得知后，勃然大怒，下旨再次把候恂逮京关进监狱。他怒气冲冲地敕令孙传庭迅速出兵河南，带郑嘉栋、高杰、左勷、牛成虎、白广恩诸将领率军东进，与贼寇接战。此时开封已浸泡在大水中了。

孙传庭在陕西修整近三个月，募集了一些新兵，兵员得到补充，又重拾起信心。就他的性格，也很想带领清一色的秦兵与李自成一决高下，只是新兵接受训练的时间太短，有些仓促。接到圣命，他匆匆做了一番准备，拉起队伍踏上征程。在他的印象里，泥腿子军的作战特点，就是不断敲着小鼓前行，而不管这是不是军事行动上的大忌，或者说像不像一支正规的军队。他派了许多细作，侦听到小鼓声就回来报告。他的部队像猫科动物一样轻手轻脚，潜行于山间小路，先绕行到南阳，然后北上，循着小鼓声步步接近了义军驻扎地郏县。在这里，官军已能听到远方隐隐的小鼓声，他不由得发出一阵狞笑。与从前曹文昭、陈奇瑜同泥腿子军的战法不同，现在义军人数众多，越来越成熟，他采取的对策是，设下伏兵，诱敌深入。他命左勷率左军，郑嘉栋率右军，高杰率中军分别埋伏下来，由前军牛成虎率兵前去义军营寨搦战，把李自成引出，诱进伏击圈。李自成果然中计，率刘宗敏、田见秀、刘芳亮大军直扑牛成虎，意欲将其一口吞掉，牛成虎拨马就跑，自成在后穷追。自成军进入伏兵阵地，左勷、郑嘉栋、高杰三路人马接连从树林中跃出，枪炮弓矢齐射，把自成军打了个措手不及，数千义军被射倒，自成仓皇回撤。孙传庭指挥三军在后猛追，意欲扩大战果，义军乱做一团，丢盔弃甲，又有一部分义军被射倒被砍倒。但孙传庭的部队已不是从前的部队，尤其那些新兵，见到战利品就捡、甚至互相争抢，做为回营报功的凭据。自成在马上看到孙传庭的部队是这副熊样，清醒过来，立刻组织反攻，义军蜂拥般杀回，孙传庭同样措手不及，官军被义军的气势所慑，连连后撤，直至回头就跑，被孙传庭喝止住，双方才呈现僵持状态。